Avec de telles observations, Fâtima était souvent amenée de la dure réalité de la vie quotidienne à un aperçu des perspectives immenses et de grande portée ouvertes par la mission dont était investi son noble père.
Fâtima retourna par la suite vivre dans une maison proche de celle du Prophète (SAW). L'endroit fut offert par un Ansari qui savait que le Prophète (SAW) se réjouirait d'avoir sa fille comme voisine. Tous les deux partageaient le quotidien mouvementé de la vie à Médine, aussi bien dans la joie et la réussite que dans la peine et la difficulté. Au milieu de la seconde année suivant la Hijrah sa sœur Ruqayyah tomba malade: Elle fut prise par la fièvre et la rougeole. Ce fut peu de temps avant la bataille de Badr. Uthman , son mari, resta à ses côtés et manqua la bataille. Ruqayyah mourut juste avant le retour de son père. De retour à Medinah, un des premières choses qu'il fit fut de se rendre sur sa tombe. Fâtima y alla avec lui. C'était la première perte qu'ils subirent au sein de leur proche famille depuis la mort de Khadîdjah . Fâtima fut énormément touchée par la mort de sa sœur. Les larmes coulèrent de ses yeux dès qu'elle s'assit à côté de son père sur le bord de la tombe, et il la consola et chercha à sécher ses larmes avec le coin de son manteau.
Le Prophète (SAW) avait auparavant parlé des lamentations de la mort, mais cela avait amené un malentendu et quand il revinrent du cimetière, la voix d'Umar  en colère fut entendue, contre les femmes qui pleuraient pour les martyrs de Badr et pour Ruqayyah. 'Umar laisse-les pleurer' dit le Prophète Mohamed (SAW) et il ajouta : 'Ce qui vient du cœur et des yeux, cela vient d'Allah et de sa miséricorde, mais ce qui vient des mains et de la langue, cela vient de Satan' - par "les mains", il faisait allusion au fait de se frapper la poitrine et de se gifler les joues et par "la langue", aux cris en cœur lancés par les femmes, comme une marque publique de sympathie. Uthman  épousa plus tard l'autre fille du Prophète (SAW), Umm Kulthum , et de ce fait devint le Dhu-n Nurayn –l'homme aux deux lumières. La perte dont souffrit la famille avec la mort de Ruqayyah  fut suivie par la joie quand, au grand plaisir de tous les croyants, Fâtima donna naissance à un garçon au mois de Ramadan de la troisième année après l'hégire. Le Prophète (SAW) prononça l'Adhan dans l'oreille du nouveau-né et l'appela Al-Hasan, ce qui signifie le beau.
Un an plus tard elle donna naissance à un autre garçon, qui fut appelé Al-Husayn, ce qui signifie le petit Hassan ou 'le petit beau'. Fâtima emmenait souvent ses deux fils voir leur grand-père qui les aimait excessivement. Plus tard il les emmenait à la Mosquée et ils grimpaient sur son dos quand il se prosternait. Il fit de même avec sa petite-fille, Umamah, la fille de Zaynab.
Huit ans après l'hégire, Fâtima donna naissance à un troisième enfant, une fille qu'elle nomma comme sa sœur aînée Zaynab, qui était décédée peu avant sa naissance. Cette Zaynab grandit et fut l'héroïne de Karbala. Le quatrième enfant de Fâtima naquit l'année d'ensuite. L'enfant était aussi une fille et elle l'appela Umm Kulthum comme sa sœur qui mourut l'année précédente d'une maladie. Ce fut seulement par la progéniture de Fâtima que la descendance du Prophète (SAW) fut perpétuée. Tous les enfants mâles du Prophète (SAW) étaient morts en bas âge et les deux enfants de Zaynab , Ali et Umamah, moururent jeunes. L'enfant de Ruqayyah, Abdullah, mourut aussi alors qu'il n'avait pas deux ans. Cela était une raison supplémentaire à l'admiration accordée par le Prophète (SAW) pour Fâtima.
Bien que Fâtima était souvent occupée avec les grossesses, les naissances, et l'éducation des enfants, elle prenait part autant qu'il lui était possible aux affaires de la communauté musulmane grandissante de Madinah.
Avant son mariage elle était une sorte d'hôtesse pour les pauvres et les démunis d'Ahl as-Suffah. Dès la fin de la bataille d'Uhud, elle vint avec d'autres femmes sur le champ de bataille, pleura les martyrs morts et prit le temps de panser les blessures de son père. Au coirs de la bataille des tranchées, elle joua un rôle majeur de soutien avec d'autres femmes en préparant à manger durant le long et difficile siège. Dans son camp, elle menait la prière des femmes musulmanes et à cet endroit on construisit une mosquée appelée Masjid Fâtimah, une des sept mosquées où les musulmans étaient de garde et accomplissaient leurs adorations. Fâtima accompagna aussi le Prophète (SAW) quand il fit la Umrah au cours de la 6ème année de l'Hégire, après le traité d'Hudaybiyyah. L'année qui suivit, elle et sa sœur Umm Kulthum furent parmi la foule nombreuse de musulmans qui participèrent avec le Prophète (SAW) à la libération de Makkah. On rapporte qu'en cette occasion, Fâtima et Umm Kulthum  visitèrent la maison de leur mère Khadîdjah , se rappelèrent les souvenirs de leur enfance et de leur jihad, des longs combats dans les 1ères années de mission du Prophète (SAW).
Au cours de Ramadhan de la 10ème année, juste avant qu'il n'accomplisse son pèlerinage d'adieu, le Prophète (SAW) confia à Fâtima un secret révélé à personne jusqu'alors : 'Jibril me récitait le Quran et je le lui récitais une fois par an, mais cette année il l'a récité avec moi deux fois. Je suis bien forcé de croire que mon temps est venu' De retour de son pèlerinage d'adieu, le Prophète (SAW) tomba gravement malade. Il passa ses derniers jours dans l'appartement de sa femme Aicha. Quand Fâtima venait lui rendre visite, Aicha laissait le père et sa fille seuls ensemble. Un jour il appela Fâtima… quand elle vint il l'embrassa et murmura quelques mots dans son oreille. Elle pleura. Alors il murmura à nouveau dans son oreille et elle sourit. Aicha vit cela et demanda : 'tu pleures et tu ris en même temps Fâtima ? Que t'a dit le Messager de Dieu (SAW) ?' 'Il me dit d'abord qu'il allait rencontrer son Seigneur dans un court instant et j'ai pleuré.' Il me dit alors : 'Ne pleure pas tu seras la 1ère de ma maison à me rejoindre et là j'ai souris.' Peu de temps après, le Noble Prophète (SAW) décéda. Fâtima était frappée de chagrin et on la vit souvent pleurer abondamment. Un des compagnons nota qu'il ne vit plus Fâtima rire après la mort de son père. Un matin, tôt, au cours du mois de Ramadhan, 5 mois seulement après la mort du Prophète (SAW), Fâtima se réveilla semblant exceptionnellement heureuse et pleine de gaieté. L'après-midi, on rapporte qu'elle appela Salma bint Umays  qui veillait sur elle. Elle demanda de l'eau et prit un bain. Elle mit alors de nouveaux habits et se parfuma. Elle demanda ensuite à Salma de mettre son lit dans la cour de la maison. Le visage tourné vers le ciel au-dessus, elle demanda son mari Ali .
Il fut surpris de la voir étendue au milieu de la cour et lui demanda ce qui n'allait pas. Elle sourit et dit : 'j'ai rendez-vous aujourd'hui avec le Messager de Dieu (SAW)' Ali  pleura et elle essaya de le consoler. Elle lui dit de prendre soin de ses fils Al-Hasan et Al-Husayn et demanda à être enterrée sans cérémonie. Elle fixa à nouveau le ciel, puis ferma les yeux et rendit l'âme.
Fâtima la resplendissante n'avait que 29 ans…